如果首套房申请的是公积金贷款，在公积金贷款没有结清的情况下，二套房是不可以申请公积金贷款的。如果二套房申请的是商业贷款，那么不管首套房的公积金贷款有没有结清，用户都可以正常申请放贷，只不过银行会着重审核用户的负债率和还款能力。
一、上海首套房政策
1、符合上海限购政策，使用纯公积金贷款购买90平以下的首套房，首付款比例为20%。纯公积金贷款购买首套房(90平以上)首付款比例为30%。
2、商业贷款政策，居民家庭购买首套住房申请商业性个人住房贷款的，首付款比例不低于35％。
3、在本市已拥有1套住房的、在本市无住房但有商业性住房贷款记录或公积金住房贷款记录的，购买普通自住房，商业贷款首付款比例不低于50％。
4、购买非普通自住房的，商业贷款首付款比例不低于70％。
5、公积金贷款政策，购买首套住房且从未使用过公积金的缴存职工家庭，公积金首付比例仍为30％。
6、面积小于或等于90平低首付比例为20％，停止向已有两次公积金贷款记录的职工家庭再行发放贷款；借款人以公积金缴存账户余额确定贷款额度的倍数从40倍下降到30倍。
二、商业贷款和公积金贷款有什么区别
1、贷款利率不同：
公积金贷款5年以上贷款利率为3.25%，产生的总利息低。商业贷款，无折扣的情况下贷款利率为4.9%，贷款的总利息比较高。
2、贷款的额度不同：
公积金的贷款额度受个人公积金缴存年限、余额的限制，此外，政策还规定了公积金的高可贷款额度;商业贷款的贷款额度比公积金的贷款额度高。
3、贷款的条件不同：
商业贷款的要求是个人信用良好，没有不良征信记录，具备还款能力。只要是购买房屋，不管是普通住宅还是商住楼、别墅、写字楼，都可以采用商业贷款。
采用公积金贷款，也要求个人的信用良好，此外还有要求，就是自贷款之日起前6个月，个人的公积金账户须是连续正常且足额缴纳的。公积金贷款仅针对购买普通住宅的家庭，别墅等非普通住宅、商住楼等非住宅，是不可以使用公积金贷款的。
此外，个人有公积金贷款未结清，不能再采用公积金贷款和组合贷款;而有商业贷款未结清，除开限购限贷因素外，还可以再采用商业贷款买房。还有一个问题就是，在很多城市买房，公积金异地贷款受到限制，而商业贷款，则可以不受地方的限制。
4、贷款流程的繁简不同：
商业贷款的流程相对简单，在银行申请商业贷款后，贷款很快就能发放下来。
公积金贷款的流程复杂，必须先到住房资金管理中心进行申请，中心进行审核后开始办理贷款，从申请到贷款发放，时间比较久。
5、资金来源不同：
住房公积金管理中心的资金来源于职工个人及所在单位缴存的住房公积金，可以简单理解为“取之于民，用之于民”。
商业贷款是以房产作为抵押物，向银行等金融机构获得一次性借款的交易。
三、共同还款人算第二套房吗
若是夫妻的话，不属于首次买房，属于二套房。婚前一方已买房，婚后以另一方名义申请买房的话，会被算作二套房。以家庭为单位夫妻名下所有房产如全部卖出再购新房，则新房为首套房。未成年子女和父母属于一个家庭，以未成年子女名义买房，会被算作二套房。
此外对于贷款购房一般遵循以下原则：名下无房，没有贷款记录，这是首次购房;名下有房，用自有资金全款购买，没有贷款记录，这是首套房;
用自有资金全款买过一套住房，并且已经出售，再次买房属于首套房;名下有房，用过商业贷款，但贷款已结清，这属于首套房;名下有房，用过公积金贷款，但贷款已结清，这属于首套房;曾经买过住房，已经卖掉，目前名下无房，但有贷款记录，且贷款已经结清，这属于首套房。
【本文关联的相关法律依据】
《关于个人住房贷款政策有关问题的通知》第二条
对拥有1套住房并已结清相应购房贷款的缴存职工家庭，为改善居住条件再次申请住房公积金委托贷款购买普通自住房，最低首付款比例为30%。