如果首套房申请的是公积金贷款，在公积金贷款没有结清的情况下，二套房是不可以申请公积金贷款的。如果二套房申请的是商业贷款，那么不管首套房的公积金贷款有没有结清，用户都可以正常申请放贷，只不过银行会着重审核用户的负债率和还款能力。
一、商业贷款与住房公积金贷款有什么区别
1、贷款对象不同。住房公积金贷款的对象为缴存住房公积金的职工，只有你缴纳了公积金才能选择住房公积金贷款；而商业贷款属于个人住房贷款，面向所有人群，只要你满足银行的贷款条件，一般都可以贷款成功。
2、贷款利率不同。商业贷款5年以上基准利率是4．9％，不过现在很多城市的房贷利率上浮10％－30％，所以具体以贷款银行的房贷利率为标准；住房公积金贷款5年以上房贷利率3．25％。
3、贷款比例不同。现在很多限购城市首套房商业贷款的比例是7成了，即首付30％，至少也是首付25％，不限购城市的首套房商业贷款的比例是8成；而首套房纯住房公积金贷款的比例几乎都是8成，即首付20％。二套房的贷款政策，商业贷款的限制比住房公积金贷款的多。
4、贷款流程和审批时间不同。商业贷款一般是在购房者办理过户之前审核贷款，审批时间大约是20个工作日，主要审核机构是银行，即决定权在银行；而住房公积金贷款一般是在办理过户之后审核贷款，审批时间大约是40个工作日，并且需要通过住房公积金管理中心审批，决定权在住房公积金管理中心，银行只是执行机构。
5、贷款来源和利息用途不同。商业贷款主要是商业银行放贷，目的是为了盈利，利息归属相关的银行投资人；而住房公积金贷款的主要资金来源是缴费者缴纳的住房公积金，贷款产生的利息有规定的用途，一般只能用于保障性住房建设。
二、尽量使用公积金贷款
众所周知，公积金贷款的利率比商业住房贷款低得多。公积金贷款上限为50万元，放贷时间最长30年，如果房价过高，购房者可使用公积金和商贷的组合贷款方式。另外，由于目前公积金贷款没有一套房和二套房之分，只要首次贷公积金或者第一次公积金贷款还清了再贷公积金都可以。因此，最好是采取购买首套房贷商业贷款、购买二套房贷用公积金的做法。
三、买首套房和二套房有什么区别
（一）首套房与二套房的区别：
1、贷款利率。二套房贷款的贷款利率是比首套房的贷款利率高不少的。就公积金贷款而言，二套房贷款的贷款利率，是要在首套房公积金贷款利率的基准上，上幅10%。其他商业贷款的二套房贷款利率，要以各商业银行规定为准，但总体来说，都是比较高的。
2、贷款额度。二套房贷款的贷款额度比首套房的贷款额度低很多。具体的贷款额度，以地区规定为准。
3、贷款难度。当然，而二套房贷款的贷款难度，会比首套房贷款难度大很多，尤其是在遇到资金比较紧张的时候，二套房贷款往往很难申请到。一套和二套在交易上，一套有契税优惠（普通且90平米以下按1%征收，普通按1.5%征收，非普通还是3%），二套无论什么情况契税都是3%。在房产税上，一套免征，二套按家庭人均60平米计算，超过部分征收房产税，每年年底缴清，税率为非普通住宅0.6%，普通住宅0.4%，标地按合同价的70%计征。
【本文关联的相关法律依据】
《关于个人住房贷款政策有关问题的通知》第二条
对拥有1套住房并已结清相应购房贷款的缴存职工家庭，为改善居住条件再次申请住房公积金委托贷款购买普通自住房，最低首付款比例为30%。