事业单位撤销债务的处理方式是进行清算，法人解散后应及时组成清算组进行清算；事业单位法人证书具有刻制印章、办理银行业务、办理社会保险、申请税务优惠、工商管理、国有资产登记、土地、房产登记等多种效力。
法律分析
一、事业单位撤销债务怎么处理
1、事业单位属于法人的，事业单位在撤销前要进行清算，对存续期间取得的债务进行清理。
2、法律规定：《中华人民共和国民法典》
第七十条【法人解散后的清算】法人解散的，除合并或者分立的情形外，清算义务人应当及时组成清算组进行清算。
法人的董事、理事等执行机构或者决策机构的成员为清算义务人。法律、行政法规另有规定的，依照其规定。
清算义务人未及时履行清算义务，造成损害的，应当承担民事责任；主管机关或者利害关系人可以申请人民法院指定有关人员组成清算组进行清算。
二、事业单位法人证效力是怎样的
(一)刻制印章等。事业单位须凭《事业单位法人证书》到当地公安机关办理手续，刻制印章、领取车船牌照；事业单位制作牌匾、印制信封信笺、对外行文的名称必须与《事业单位法人证书》上所登载的名称完全相同。
(二)银行开户与贷款。事业单位开立基本账户或办理贷款业务，须凭《事业单位法人证书》。
(三)办理社会保险。事业单位应持《事业单位法人证书》向同级劳动与社会保障部门办理养老、医疗、失业等社会保险。
(四)税务管理及申请有关优惠。事业单位申请税务登记，申请减免税收及其他优惠，应持《事业单位法人证书》。
〔五)工商管理。事业单位兴办企业等，应持《事业单位法人证书》向工商行政管理部门申请办理有关登记。
(六)国有资产登记管理和统计登记。事业单位办理国有资产登记和统计登记，以《事业单位法人证书》证明其身份。
(七)土地、房产登记管理。事业单位申请办理土地、房产登记事宜，应持《事业单位法人证书》。
(八)有关收费。事业单位向同级有关部门申请行政、事业性收费，应出示《事业单位法人证书》证明其身份，并以《事业单位法人证书》上登载的有关内容作为申请收费项目的依据之一。
结语
事业单位撤销债务需进行清算，法人解散后应组成清算组进行清算，否则需承担民事责任。事业单位法人证具有多方面效力，如办理社会保险、银行开户贷款、税务管理、工商管理等，须凭证书证明身份。同时，在办理土地、房产登记及申请有关收费时，也需要持有事业单位法人证书。
法律依据
中华人民共和国中小企业促进法（2017修订）：第三章 融资促进 第十五条 国务院银行业监督管理机构对金融机构开展小型微型企业金融服务应当制定差异化监管政策，采取合理提高小型微型企业不良贷款容忍度等措施，引导金融机构增加小型微型企业融资规模和比重，提高金融服务水平。
中华人民共和国中小企业促进法（2017修订）：第三章 融资促进 第十三条 金融机构应当发挥服务实体经济的功能，高效、公平地服务中小企业。
中华人民共和国个人独资企业法：第三章 个人独资企业的投资人及事务管理 第十八条 个人独资企业投资人在申请企业设立登记时明确以其家庭共有财产作为个人出资的，应当依法以家庭共有财产对企业债务承担无限责任。