补充协议是指出在主合同中未明确或变更的事项的补充规定。在效力上,补充协议一般是优先遵循补充协议约定,但如果主合同与补充合同产生冲突,一般应以补充合同为准。补充协议是相对于已经存在的合同而言的,“协议补充”就是通过协议方式补充已经存在的合同中存在的漏洞。不过,补充协议中可能存在一些陷阱,如补充协议效力大于合同条款、宣传广告不承担法律责任、购房总价成违约金基数、补充协议剥夺了消费者应享有的权利等。
法律分析
一、主合同与补充协议的关系表现在：
补充协议是对主合同中未明确或变更的事项的补充规定。
2.效力上一般是优先遵循补充协议约定。
3.与主合同不冲突补充协议可以作为主合同的补充，应当有效；当主合同与补充合同产生冲突时，只要主合同中没有“不允许补充协议对主合同修改”的限制条款，一般应以补充合同为准。
“补充协议”或者称为“协议补充”，是指当事人对于合同中的内容没有约定或者约定不明确的，而达成的协议。“补充协议”是相对于已经存在的合同而言的，“协议补充”就是通过协议方式补充已经存在的合同中存在的漏洞。因此，已经存在的合同与“补充协议”之间是主从关系。
二、补充协议和主合同冲突以哪个为准
以补充协议为准。因为补充协议可以视为合同双方主体对合同的变更协商一致了，不过这个新的约定一定要明确约定，不能模棱两可。补充协议中一般都会在尾部写明“原合同与本补充协议不一致的，以补充协议为准。”值得注意的是，原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。
三、补充协议里暗藏的陷阱有哪些
补充协议里暗藏的陷阱可能包括：
1.补充协议效力大于合同条款；
2.宣传广告不承担法律责任；
3.购房总价成违约金基数；
4.限定买家商品房用途；
5.补充协议剥夺了消费者应享有的权利。
结语
补充协议是合同中重要的组成部分，对于补充协议与主合同的关系以及补充协议和主合同的冲突解决方式，需要当事人充分了解。在签订补充协议时，应明确约定补充协议的效力以及与主合同的冲突解决方式，以避免可能存在的法律风险。同时，消费者也应该注意补充协议中可能存在的陷阱，维护自己的合法权益。
法律依据
最高人民法院关于适用《合同法》若干问题的解释（二）(2009-04-24) 第一条 当事人对合同是否成立存在争议，人民法院能够确定当事人名称或者姓名、标的和数量的，一般应当认定合同成立。但法律另有规定或者当事人另有约定的除外。
对合同欠缺的前款规定以外的其他内容，当事人达不成协议的，人民法院依照合同法第六十一条、第六十二条、第一百二十五条等有关规定予以确定。
最高人民法院关于适用《合同法》若干问题的解释（二）(2009-04-24) 第十四条 合同法第五十二条第（五）项规定的“强制性规定”，是指效力性强制性规定。
最高人民法院关于适用《合同法》若干问题的解释（一）(1999-12-29) 第九条 依照合同法第四十四条第二款的规定，法律、行政法规规定合同应当办理批准手续，或者办理批准、登记等手续才生效，在一审法庭辩论终结前当事人仍未办理批准手续的，或者仍未办理批准、登记等手续的，人民法院应当认定该合同未生效；法律、行政法规规定合同应当办理登记手续，但未规定登记后生效的，当事人未办理登记手续不影响合同的效力，合同标的物所有权及其他物权不能转移。
合同法第七十七条第二款、第八十七条、第九十六条第二款所列合同变更、转让、解除等情形，依照前款规定处理。