一是主体不同。汽车租赁合同的主体为车辆所有人和承租人，非法营运的合同双方为承运人与乘客。
二是提供的服务内容及赚取的利润来源不同。汽车租赁仅提供车辆，不提运输服务，其表现主要有车辆的油费、过路费及驾驶劳务均由承租人承担，租赁合同一般也没有具体的起始地和目的地，汽车租赁的利润来源于汽车的使用费用。而非法营运不但提供车辆，还提供驾驶劳务，油费、过路费、洗车费、停车费等运输过程中产生的费用一般也由提供车辆的承运人承担，而乘客仅支付运输费用。
三是承担的法律责任不同。汽车租赁合同中，租赁方仅对租赁车辆符合国家安全技术要求及租赁合同约定的内容负责，不承担车辆交接后而产生的运输法律风险。如：汽车租赁关系中，汽车交付后发生交通事故，除因车辆自身技术原因或者审查驾驶人资质原因可能承担责任外，不承担乘客的损失，还会要求承租人赔偿车辆损失。而非法营运行为人不但需承担车辆损失，还因未履行运输合同以及履行过程中损害乘客利益，还需承担乘客的损失。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》
第七百零七条 租赁期限六个月以上的，应当采用书面形式。当事人未采用书面形式，无法确第七百零七条 租赁期限六个月以上的，应当采用书面形式。当事人未采用书面形式，无法确定租赁期限的，视为不定期租赁。定租赁期限的，视为不定期租赁。
第七百一十条 承租人按照约定的方法或者根据租赁物的性质使用租赁物，致使租赁物受到损耗的，不承担赔偿责任。
第七百一十五条 承租人经出租人同意，可以对租赁物进行改善或者增设他物。承租人未经出租人同意，对租赁物进行改善或者增设他物的，出租人可以请求承租人恢复原状或者赔偿损失。