法律分析：一、公司协商解除除劳动合同档案吗
解除劳动合同证明书，是用于到新的用人单位办理劳动保险转移、转移户籍、甚至办失业证等等之用。
用人单位可以将该证明放入档案，也可以直接交给劳动者，办理相关手续，然后在放在档案里保存。
如果劳动者不想放入档案，可以不向新的用人单位提交解除劳动合同证明。
《劳动合同法》第50条规定，用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在15日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。
二、用人单位和员工协商解除劳动合同是否需要支付补偿金?
双方协商一致解除劳动合同的，用人单位需支付经济补偿金。
《劳动合同法》第46条规定，有下列情形之一的，用人单位应向劳动者支付经济补偿：其中第(二)种情况是“用人单位依照本法第36条规定向劳动者提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除劳动合同的”。
第47条规定补偿标准是，按劳动者在本单位工作的年限，每满1年支付1个月工资的经济补偿金。六个月以上的按一年计算，不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
根据上述规定，如果是用人单位提出与劳动者协商解除劳动合同，用人单位应支付经济补偿金。
三、依法辞退员工的情形包括哪些?
1、试用期辞退;
2、严重违纪员工的辞退;
3、严重失职、营私舞弊，给企业利益造成重大损害的员工的辞退;
4、违法兼职员工的辞退;
5、欺诈、胁迫企业订立劳动合同员工的辞退;
6、被追究刑事责任员工的辞退;
直接把劳动合同档案退给劳动者本人的比较少，很多可能很多劳动者从始至终都没有见到过自己的劳动档案，这是因为我们的劳动档案基本上都是保管在国家有关单位的。除了档案之外，还有劳动合同证明，所以用人单位不会在档案上胡乱记载解除合同的原因。
法律依据：《劳动合同法》第50条规定，用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在15日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。