公立医院聘用合同是有违约金的，是合法的。聘用合同是事业单位与职工按照国家的有关法律、政策，在平等自愿、协商一致的基础上，订立的关于履行有关工作职责的权利义务关系的协议。狭义上的聘用合同不但在适用对象上与劳动合同有区别，在法律适用上也与劳动合同有所区别。
一、法律依据
《劳动合同法》第22条规定：“用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。”第23条规定：“对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。”第25条进一步规定：“除本法第二十二条和第二十三条规定的情形’外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。”根据上述规定，实行劳动合同制的员工，除非用人单位对其进行了竞业限制或提供了专项培训，否则不得约定违约金。
但是，“不得约定违约金”的规定是针对实行劳动合同制的员工，事业单位实行聘用制的员工是否适用这一规定呢？《劳动合同法》第96条规定：“事业单位与实行聘用制的工作人员订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，法律、行政法规或者国务院另有规定的，依照其规定；未作规定的，依照本法有关规定执行。”这也就是说，事业单位的员工，在签订聘用制合同时，能否约定违约金，首先看其他法律、行政法规或国务院有无规定，有规定的，按该规定执行；没有相应规定的，应当适用《劳动合同法》。
那么，法律、行政法规或者国务院对事业单位约定违约金有无规定呢？国办发[2002)35号《关于在事业单位试行人员聘用制度的意见》第4条规定：“聘用合同由聘用单位的法定代表人或者其委托的人与受聘人员以书面形式订立。聘用合同必须具备下列条款：(一)聘用合同期限；(二)岗位及其职责要求；(三)岗位纪律：(四)岗位工作条件；(五)工资待遇；(六)聘用合同变更和终止的条件；(七)违反聘用合同的责任。”根据上述规定，事业单位与员工签订聘用合同时，可以约定“违反聘用合同的责任”，并且该条款是必备条款。这里的“违反聘用合同的责任”自然包括违约金。
公立医院在与医生或者工作人员签订合同时，是可以将违约金的情况写进合同的，一方面主要是为了维护合同的权威性，另一方面也提高了随意更改或者解除劳动合同的成本。需要注意的是，有部分合同在签订时还对比如保密或者培训等事项进行说明，如果违反了是要追究相关法律责任的。