大报恩寺是明成祖朱棣为纪念明太祖朱元璋和马皇后而建，明永乐十年(1412年)于建初寺原址重建，历时达19年。大报恩寺琉璃宝塔高达78.2米，通体用琉璃烧制，塔内外置长明灯一百四十六盏。整个寺院规模极其宏大，有殿阁30多座、僧院148间、廊房118间、经房38间。大报恩寺自建成至衰毁一直是中国最高的建筑，也是世界建筑史上的奇迹，位列中世纪世界七大奇迹，被当时西方人视为代表中国的标志性建筑。大报恩寺是南京历史最为悠久的佛教寺庙，千余年间，屡废屡建，寺名亦屡屡更易，大报恩寺塔立于南朝寺庙发祥地和江南佛教中心。南朝四百八十寺，多少楼台烟雨中”，杜牧这两句诗中“四百八十寺”的起源就是大报恩寺，大报恩寺的历史从 孙吴开始，历经各朝，有过 长干寺、天禧寺等名字，大报恩寺塔的前身则是阿育王塔。东吴赤乌年间(238─250年)，孙权建 建初寺及阿育王塔，为江南塔寺之始，有“江南第一寺”之称，是继洛阳白马寺之后的中国第二座寺庙，也是中国南方地区的首座寺庙。经过考证，阿育王塔约建于东汉献帝的兴平年间(194─195年)，是南京最古老的佛塔，也是中国最早的佛塔之一。建塔者极有可能是秣陵人符融，他曾任徐州刺史陶谦麾下之广陵、下邳、彭城三郡的运漕官，并以漕运所得经费建庙盖塔。符融为最早见于正史的中国阁楼式佛塔的创始者，后退守故里秣陵，为孙策攻灭。东吴赤乌十年(247年)东吴大帝孙权为康居国僧人会在长干里修建建初寺和阿育王塔，成为江南塔寺之始。晋太康年间(280─289年)复建，名长干寺;南朝陈为报恩寺，宋改天禧寺，建圣感塔;元改慈恩旌忠教寺。建德六年(578年)，齐地佛门遭劫。闻率僧众四十余循海路奔建康。辄遇大风波，楫折船沉。忽现巨龟，负众僧出水，须臾抵建康。闻口称南无阿弥陀佛。龟对曰：师父曾记否，吾乃海曲放生池之老龟也。闻恍然大悟。奏闻宣帝，帝大悦，敕建报恩寺，香火祀之。唐朝年间，“慧闻者，齐渤海人也。幼年向佛，十二入寺，十六受戒。苦修《大智度论》、《中论》，树“一心三观”，启天台之源。所入法门，非世可知。学者仰之，以为履地戴天，莫知高厚。又以悯寺所得榇施，买海曲溪石梁为放生池，佛法广播于江北。”北宋端拱元年(988年)，僧可政得唐三藏玄奘大师顶骨舍利，于长干寺建塔瘗藏;宋天禧元年(1017年)，重修后的长干寺改称天禧寺，寺塔易名“圣感”;元至元二十五年(1288年)，诏改天禧寺为“元兴慈恩旌忠教寺”，改塔名为“慈恩塔”。明永乐六年(1408年)毁于火，永乐十年(1412年)明成祖朱棣敕工部于原址重建，明成祖以纪念明太祖和马皇后为名，命工部于此重建大报恩寺及九层琉璃宝塔，按照宫阙规制，征集天下夫役工匠十万余人，费用计钱粮银二百五十万两、金钱百万，历时十九年始完工。“依大内图武，造九级五色琉璃塔，曰第一塔，寺曰大报恩寺”。大报恩寺的修造，由郑和等人担任监工官。大报恩寺在永乐、宣德年间建造，正值郑和率领下西洋船队多次远洋海外之时，因而，郑和对这项工程难以全力照顾，工程进展缓慢，弊端展现。为此，1428年(宣德三年)，明宣宗朱瞻基特下御敕，要此时已出洋回国任南京守备的郑和“即将未完处，用心提督”，限期完工。竣工以后，郑和还特其从海外带回的“五谷树”、“婆罗树”等奇花异木种植在寺内。明代初年至清代前期，大报恩寺琉璃宝塔作为中国最具特色的标志性建筑物，被称为“天下第一塔”，更有“中国之大古董，永乐之大窑器”之誉，是当时中外人士游历金陵的必到之处。嘉靖四十五年(1566年)遭雷火袭击，天王殿，大殿、观音殿、画廓一百四十余间焚为灰烬;万历二十八年(1600年)塔心木腐朽，塔顶倾斜，僧人洪恩募捐银数千两使之得以重修。清顺治十八年以后，内府及地方均有拨款修缮记载。最后一次是1802年(清嘉庆七年)修复竣工后，绘塔图并附志。咸丰四年(1854年)，大报恩寺塔被毁，关于被毁的原因有两种说法。一说，清军攻克雨花台后，太平军为防清军占据大报恩寺对城内造成威胁，太平军先下手为强，遂“用火药轰之，复挖空塔座下基地，数日塔倒，寺遭焚毁”。另一说则是1856年，正逢天京之变，北王韦昌辉因为担心翼王石达开占领城外的琉璃塔，架炮攻击城内，派兵一面在塔下挖地道引爆炸药，一面用火炮直接轰击塔身，最终使琉璃塔化作一堆瓦砾，而大报恩寺的其他建筑也被由此引发的大火全部烧毁。也有人认为是曾国藩下令炸毁的。清同治四年(1865年)，江宁机器制造局就大报恩寺遗址坡下菜地造住房十二间，工作间八十余间，廊五十余间，寺院遗址渐被蚕食瓜分。1958年，在眼香庙、芙蓉山、窑岗村一带出土的大批琉璃构件上多带有墨书的字号标记。构件现分藏于 中国国家博物馆、 南京博物院和南京市博物馆。20__年后，南京市开始筹划复建事宜，20__年，大报恩寺遗址公园正式启动建设。20__年8月7日，在南京大报恩寺遗址出土的铁函中发现了七宝阿育王塔等一系列世界级文物与圣物，内藏“佛顶真骨”。20__年，大报恩寺重建工程被列为南京市20__年城市建设“十六个重大项目”之一，同年大连万达集团董事长 王健林向该工程捐赠10亿元人民币。20__年6月12日，南京大报恩寺佛顶骨舍利盛世重光系列活动在栖霞寺隆重举行，佛顶骨舍利在栖霞寺法堂供奉的一个月里，有近20万人前往瞻礼。20__年6月，被评为“20__年度全国十大考古新发现”。20__年4月25日，第三届 世界佛教论坛在香港开幕，大报恩寺出土的佛顶骨舍利从发现地南京迎请来到了香港。20__年11月，大报恩寺作为 中国海上丝绸之路项目遗产点之一，列入中国世界文化遗产预备名单。20__年5月，大报恩寺遗址被国务院核定公布为全国重点文物保护单位。20__年3月，大报恩寺轻质保护塔主体完工，该塔共有9层，由轻钢结构和玻璃筑成，外立面由玻璃幕墙组成。20__年12月16日上午10点18分，大报恩寺遗址公园举行开园仪式。12月17日，大报恩寺遗址公园正式开放。大报恩寺位于南京 中华门外雨花路东侧秦淮河畔长干里，范围东起今晨光机器厂，西至雨花路，南达雨花台，北抵秦淮河边，周围9里13步。大报恩寺坐东向西、规模宏大，全寺整体建筑分为南北两大部分，寺庙主体部分(山门，佛殿、琉璃塔等)居北半部，附属部分(僧房、禅堂、藏经殿等)居南半部，南北两部分之间由围墙隔开。大报恩寺北半部主体建筑中轴线布局排列有序：山门(金刚殿)—香水河桥—天王殿 —大雄宝殿—琉璃塔一观音殿一法堂。香水河桥的南北两侧各置御碑亭一座，分别护于“御制大报恩寺左碑”和“御制大报恩寺右碑”。观音殿的两侧有祖师殿和伽蓝殿，观音殿后南北有画廓118间。在祖师殿前有钟楼一座，而与之对称的伽蓝殿前却无鼓楼，按中国寺庙传统的“晨钟暮鼓”及建筑式样，大报恩寺内设钟楼而不设鼓楼现象轻为少见。结合大报恩寺塔“九级内外，篝灯一百四十有六”，“—日夜费油六十四斤四两零”，使之“昼夜长明”来看，大报恩寺设钟不设鼓当有一定寓意。各殿的尺寸，《金陵梵刹志》收录详备。大报恩寺山门朝西，建筑布局总体上可分为南、北两大部分。寺庙中最重要的宗教性建筑皆分布于北区;而为寺院配套的附属建筑皆位于南区，两者之间以院墙相隔。大报恩寺北区的建筑排列极为有序。沿着中轴线依次设置山门(金刚殿)—香水河桥—天王殿—大殿—琉璃塔—观音殿—法堂等核心建筑;在中轴线两侧还根据需要设置了御碑亭、钟楼、祖师殿、伽蓝殿等建筑。大报恩寺以佛殿(即大雄宝殿，又称碽妃殿)、天王殿、宝塔为主体，包括金刚殿、左右碑亭、天王殿、大殿、佛殿、大禅殿、后禅殿、左右 观音殿、法堂、祖师堂、 无梁殿、伽蓝殿、藏经前殿、藏经殿、左右贮经廊、轮藏殿、禅堂、韦驮殿、经房、东西方丈、三藏殿、钟楼等，僧院一百四十八房，东西画廊廊房一百一十八间，经房三十八间，规模极其宏大。大报恩寺及其琉璃宝塔的建筑极其精美，集明代以前中国建筑艺术精华于一身，其中以大雄宝殿和四天王殿最为壮丽，下墙、石坛及栏杆，都用汉白玉石砌成，雕镂得非常别致。大殿非礼部祠祭，终年封闭。明初诏刻大藏，别置藏经殿，贮南藏经板全部。门框饰有狮子、白象、飞羊等佛教题材的五色琉璃砖。刹顶镶嵌金银珠宝。角梁下悬挂风铃152个，日夜作响，声闻数里。自建成之日起就点燃长明塔灯140盏，每天耗油64斤，金碧辉煌，昼夜通明。塔内壁布满佛龛。该塔是金陵四十八景之一，明清时代，一些欧洲商人、游客和传教士来到南京，称之为“南京瓷塔”，将它与罗马斗兽场、亚历山大地下陵墓、比萨斜塔相媲美，称之为中古世界七大奇观之一，是当时中国的象征。大报恩寺的营建工程浩大，尤以琉璃塔为艰。据有关史料统计，这一工程先后历时19年(一说16年)，动用全国征集的良匠军工达十万人，仅建塔一项的费用，用过钱粮银2485484两，就连郑和下西洋所剩百余万银两也耗于造塔的工程。大报恩寺及其琉璃宝塔，是明成祖朱棣在准备迁都北京时，为报答父母(父亲朱元璋、生母碽妃和养母马皇后)之恩而决意兴建的。该寺自永乐十年(1412)十月十三日午时动工，由郑和与另一名太监汪福主持其事。在大报恩寺营造期间，正逢郑和连年出使海外，对这项巨大的建筑工程难以兼顾，致使当事人多把相关军夫人匠擅自役使，以致工程进展缓慢。直到郑和担任南京守备，时常亲临现场督促指挥，工程进度加快，至宣德三年(1428)八月初一始告完成。整个工程耗资钱粮银2485484两，其中有郑和下西洋节余款项100多万两，参与营建的军匠夫役达10万人之众。大报恩寺施工极其考究，完全按照皇宫的标准来营建。大报恩寺临近秦淮河，地质稍软。在全寺建造之初，地基均用木炭垫底，其方法是地基上先钉入粗大木桩，然后纵火焚烧，使之变成木炭，再用铁轮滚石碾压夯实，使地质不再迁变，能够承受重压，再在木炭上加铺一层朱砂，起到防潮杀虫的作用。寺内有殿阁20多座，画廊118处，经房38间。历时19年，耗银250万两，征调工役10多万人。大报恩寺的营建，与郑和下西洋密切相关，它也显示了郑和的组织和建筑才能。相传建造该塔时曾一式烧制三份琉璃构件，一份用来建塔，两份埋入地下用于替换。
从20__年初至20__年，南京市博物馆考古部对南京大报恩寺遗址进行了全面、系统的考古发掘，先后发现并清理了属于明代大报恩寺的香水河桥，中轴线主干道、天王殿、大殿、观音殿、法堂，以及始建于北宋大中祥符四年(1011年)的长干寺真身塔地宫和北侧的画廊基础等重要遗迹，出土了以七宝阿育王塔、金棺银椁为代表的一大批珍贵文物，获得了极为重要的考古收获。截至20__年中，油库、画廊、伽蓝殿等建筑遗迹仍在清理发掘之中。