不论细菌、病毒、原虫引起的感染性腹泻，还是非感染性腹泻，都会引起肠道菌群失调，补充益生菌可以恢复肠道菌群平衡。对于乳糖不耐受引发的腹泻，可以同时补充益生菌和乳糖酶。
便秘宝宝便秘时大便干燥，排便困难，补充益生菌可以增加肠蠕动，对便秘能起到一定的缓解作用，对于长期便秘的宝宝，益生菌配合乳果糖服用，可以对大便有明显改善。
消化不良小宝宝由于自身免疫系统发育尚未成熟，胃肠道消化功能较弱，易出现消化不良表现，益生菌可促进消化。
反复感染鹅口疮引起鹅口疮的原因是白色念珠菌(一种霉菌)，白色念珠菌不仅侵犯口腔，还会侵犯整个消化道引起腹泻，益生菌对鹅口疮也能起到辅助治疗的效果。
反复湿疹宝宝反复湿疹的主要原因是过敏，益生菌虽然不能从根本上除去过敏原因，但是能辅助治疗过敏的作用。
服用抗生素抗生素会杀死身体里的有益菌和有害菌，服用抗生素期间，适当补充抗生素有助于恢复菌群平衡。
肠胀气、肠绞痛肠胀气、肠绞痛都是宝宝胃肠发育不成熟的表现，顺时针按摩腹部，俯卧位都可以缓解腹部不适，服用益生菌和西甲硅油也会获得比较理想的效果。
剖腹产儿、早产儿、低体重儿、人工喂养儿这些孩子一般免疫力低，补充益生菌可以提高肠道免疫功能，肠道免疫功能增强，也会刺激全身免疫功能。