在贷款总利息以及首付比例上面有区别，公积金贷款相较于商业贷款来说，贷款利率要优惠不少，目前首套房公积金贷款利率只有3.25%，商业贷款利率在5.8%左右，同样贷款60万等额本息30年还清，公积金可以为贷款人节省几十万的利息。
另外在申请公积金贷款的时候，可以使用较低的首付比例，不少地区的公积金中心支持两成首付，这会减轻贷款人的前期压力。
首套房贷适宜选商业贷款。根据目前我市住房公积金使用政策，只要征信记录中有过一套住房贷款的，无论是住房公积金贷款或是商业贷款，无论该套住房是否出售或贷款是否结清，再次购房时申请公积金贷款的，均认定为二套房。购买二套房时申请住房公积金贷款的首付比例不得低于50%，如果首次房贷是住房公积金贷款的，还须在原住房公积金贷款本息已结清一年(含一年)后，方可再次申请住房公积金贷款购买二套房，同时，首次公积金贷款和第二次公积金贷款的累计贷款额度不得超过40万元。而目前执行的商业性住房贷款，对贷款购买第二套住房的家庭，贷款首付款不得低于50%，贷款利率不得低于基准利率的1.1倍。
不过根据不同的实际情况自行选择。如果购房人首套房全款购房且已出售，再次购房时，虽然使用公积金贷款的月供压力显然小于商业贷款，但是在前期首付的投入较大，一般来说，面对首付的巨额压力，大多数人都会选择商业贷款。