知网是会查论文的参考文献的，只要参考文献等其他内容出现在论文的内容中，都是会被知网查重系统进行论文检测。但是只要论文引用的参考文献格式设置正确，并且正确标明了引用文献来源，那么在知网查重时，查重系统会自动识别出参考文献部分，并不计算到重复率之中。所以用户在引用参考文献的时候，需要特别注意引用格式的问题。