Genome Research
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发布时间：2024-10-24 14:58
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时间：2024-10-29 17:03
研究主题：人乳头瘤病毒（HPV）整合与口咽癌的致癌影响
作者：David E. Symer
文章标题：《人乳头瘤病毒整合在原发性或口咽癌症中的多样化致癌后果》
摘要
人乳头瘤病毒导致所有癌症的5%，其整合到宿主染色体中。病毒癌蛋白E6和E7虽必要，但不足以形成癌症，说明需要额外的继发性遗传事件。本研究通过全基因组测序分析了105种HPV阳性口咽癌，发现77%病毒整合，揭示了调节上皮干细胞维持的关键基因（SOX2、TP63、FGFR、MYC）和免疫逃避相关基因（CD274）。基因组拷贝数超扩增在病毒整合区域显著集中，达到16倍，且局部基因组不稳定性程度随着密度增加。整合体±150kb内，异常表达基因频率增加86倍。在95%的整合肿瘤中，宿主基因转录通过基因内整合、嵌合转录、异常值表达、基因断裂和/或非编码或印记基因的从头表达而被破坏。病毒整合可引起宿主基因组结构和基因表达的广泛破坏，导致大多数HPV阳性口咽癌的发生。
热点检测
1. 在每个肿瘤中识别出500kb基因组片段内的整合热点，这些断点并非相互。使用bedtools的mergeBed功能进行整合。
2. 通过计算机模拟计算观察到具有循环积分的位点概率，以确定预期的断点。
研究主题：植物微RNA作用的全基因组分析揭示了发育过程中的动态*
作者：Xiaoli Ma
文章标题：《植物微RNA作用的全基因组分析揭示了发育过程中的动态*》
摘要
生物体发育需要对基因表达进行精细动态的空间和时间*，微RNA（miRNA）在其中起核心作用。它们在传递位置信息、基因表达模式化方面具有特异性和多功能性，但在塑造miRNA输出参数的参数方面仍有待澄清。使用玉米茎尖作为模型，我们全基因组范围内解决了这一问题。我们发现，miRNA积累模式和水平在很大程度上取决于转录水平，但转录后以组织依赖性方式进行精细处理。茎尖分生组织和脉管系统的干细胞环境特别容易受到影响。组织特异性效应在靶点抑制水平上也很明显，血管系统中的靶点裂解产物超过其他组织。我们反对纯粹在转录物切割水平上的清除调节模式，提出转录物切割提供了目标抑制的基线水平，miRNA驱动的翻译抑制可以在其上发挥作用来切换目标调节模式。结果显示，miRNA通路的复杂性允许这些小RNA在空间和时间上进行调整，以实现发育过程中所需的基因表达多功能性。
研究主题：蚊子小型RNA基因组学资源揭示动态进化与宿主对病毒和转座子的反应
作者：Qicheng Ma
文章标题：《蚊子小型RNA基因组学资源揭示动态进化和宿主对病毒和转座子的反应》
摘要
蚊子是致病虫媒病毒的主要传播媒介，但病毒感染对蚊子健康的影响很小，部分原因是蚊子RNA干扰（RNAi）途径产生的抗病毒小干扰RNA（siRNA）和Piwi相互作用的RNA（piRNA）。RNAi还通过有效抑制种系和体细胞中的蚊子转座子活性来维持基因组完整性。然而，病毒和转座子小RNA调节途径在蚊子中未被系统研究。因此，我们开发了一种集成的蚊子小型RNA基因组学（MSRG）资源，分析了四种医学上重要的蚊子物种的蚊子细胞培养物以及体细胞和性腺组织中的转座子和病毒小RNA谱。资源捕获了蚊子细胞培养物中的体细胞和性腺小RNA表达谱，报告了由卫星DNA重复序列组成的新型蚊子保守piRNA簇位点（MCpiRCL）的进化动力学。在较大的culicine蚊子基因组中，检测到piRNA生物发生模式的高度规则周期性与Piwi途径基因的扩展相吻合。最后，资源在病毒感染响应期间检测了蚊子细胞中piRNA和siRNA群体之间的串扰。MSRG资源有助于解析和对抗蚊子耐受和传播虫媒病毒的能力。
